过了奎文阁便是十三碑亭院，这里是孔庙的第六进院落。十三碑亭始建于唐代,元代添建二座,清代添建九座,亭内存有唐至民国碑刻50余块,碑文多是皇帝对孔子追谥加封、拜庙新祭、派官致祭和整修庙宇的记录，由汉文、八思巴文(元代蒙古文)、满文等文字刻写。整个碑亭布局南八北五，所以称十三碑亭，因为都是经皇帝批准立的碑，因此又叫御碑亭。其中清康熙二十五年(1686年)所立的一块石碑是最大的，碑重约35吨，加上驮碑？P？诠仓卦？65吨。